棉拭子微生物DNA/RNA的提取

前面我们发布了一篇关于使用MOBIO试剂盒提取棉拭子DNA的文章。提出了基于PCR抑制因子含量、要提取的是微生物还是真核生物DNA的建议。文章包括了不同试剂盒转移棉拭子到研磨管或者收集管的技巧。棉拭子作为一种最快捷容易的样品采集方式，一直都是技术支持的热门话题。

在前一篇棉拭子文章之后，我们又开发出了两款新的试剂盒，一款提取RNA，一款用于高通量快速机械裂解低微生物丰度/低抑制因子含量棉拭子样品微生物细胞。

提取棉拭子RNA

PowerMicrobiome RNA Isolation Kit专门设计用于快速简便提取富含PCR抑制因子样品的总RNA。使用这款试剂盒提取棉拭子，可把棉拭子直接放入含有650μl PM1/βME Solution的Bead Tube中。若棉拭子之前是冷冻保存的，请确保在放入到Bead Tube前没被化冻。样品的反复冻融会破坏细胞，并释放大量RNase到样品中。样品一拿出冰箱就直接放入到缓冲液中。在缓冲液中搅动棉拭子，静置数分钟以释放细胞到溶液中。如果棉拭子的头部可以弄下来，就把它留在研磨管中。否则对着管壁尽可能把棉拭子中的水分挤压出来，跟着说明书余下步骤操作。

高通量提取棉拭子

UltraClean-htp 96 Well Swab DNA Kit可以高通量机械裂解棉拭子上的微生物细胞。它并不是一款DNA提取试剂盒，而是直接PCR试剂盒。把棉拭子放到含有0.1mm玻璃研磨珠和SW1 裂解缓冲液的96孔板中。把棉拭子的柄折断，高度要低于96孔板，进行珠磨研磨。裂解物可直接进行PCR。此试剂盒只能用于含有极少抑制因子而微生物丰度很低的样品，如皮肤棉拭子。

下表集合了MOBIO兼容棉拭子的试剂盒，希望能帮助你快速找到合适的试剂盒。

挑选一款最适合的棉拭子提取试剂盒	宿主DNA	微生物DNA	宿主或微生物RNA
低通量
含较少抑制因子	UltraClean® Tissue & Cells DNA Isolation Kit (w/proK)	UltraClean® Tissue & Cells DNA Isolation Kit	PowerLyzer UltraClean® Tissue & Cells RNA Isolation Kit
富含抑制因子	BiOstic® Bacteremia DNA Isolation Kit (no bead beating)	PowerSoil® DNA Isolation Kit	PowerMicrobiom®e RNA Isolation Kit
高通量
含较少抑制因子	UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit
富含抑制因子	PowerMag® Microbial DNA Isolation Kit		PowerMag™ Microbiome RNA/DNA Isolation

棉拭子的保存

最近问棉拭子保存方法的比用哪款试剂盒要多。客户会问到从采样到运送回到实验室前，应该加入什么样的缓冲液来保存棉拭子。"最好是什么都不要加"，这个答案或许让很多人感到惊讶。

科罗拉多大学Rob Knight实验室在国家科学院（PNAS）发布的一项关于储存条件对皮肤棉拭子细菌群落多样性影响的研究。报告中用湿润的无菌棉拭子擦拭皮肤表面后立刻置于-20℃或-80℃冷冻保存，或放在15ml 圆底Tube管自然干燥。样品静置3至14日后提取细菌DNA。随后的分析结果表明，几种不同的保存条件下的棉拭子细菌多样性几乎没有差异。对于距离冰箱很远的采样地点，未来要提取棉拭子DNA的你，可以松一口气了。

棉拭子是个好用的东东

你会发现，就算MOBIO名字上不带"棉拭子"，他们仍适合提取棉拭子样品。若你不确定该用哪款盒子，先想想抑制因子和细胞类型。而且你不需要用任何昂贵缓冲液保存棉拭子。

(1)Forensic identification using skin bacterial communities皮肤细菌群落辅助法医学鉴定
Noah Fierer, Christian L. Lauber, Nick Zhou, Daniel McDonald, Elizabeth K. Costello, and Rob Knight PNAS, Apr 2010; 107: 6477 – 6481.